Obedienţa lui Francisc Augustin faţă de autorităţile comuniste de la Bucureşti a provocat reacţii critice din partea altor clerici din România. Astfel, preotul informator „Lörincz“ relatează într-o notă despre atitudinea episcopului clandestin, Iosif Schubert, care după ieşirea din puşcărie avea domiciliu obligatoriu în localitatea Timişul de Sus. „Lörincz“ care l-a vizitat pe Schubert relatează că episcopul are despre Augustin „o părere foarte proastă“ - asta şi din cauza faptului că Augustin a exercitat în mod abuziv funcţia care i-ar fi revenit lui Schubert, care a refuzat orice compromis cu regimul comunist. („Lörincz“ pe data de 4 august 1965, ACNSAS, I 259075, vol. 2, ff. 27-28.).
Extrem de nemulţumit de Augustin a fost şi episcopul clandestin din Timişoara, Adalbert Boros, eliberat din detenţie în 1964. Într-un referat din 28 noiembrie 1964, Securitatea menţionează în dosarul de urmărire al episcopului că acesta şi-a exprimat dezaprobarea faţă de prezenţa la Roma „a preoţilor Augustin şi [Károly] Pakocs ” ca delegaţi la conciliu. Totodată, Securitatea reţine intenţia episcopului de a informa Vaticanul că cei doi „sunt oamenii guvernului” şi în nici un caz „nu reprezintă biserica romano-catolică din România“ (cf. ACNSAS, I 259075, vol. 2, ff. 5-7).
Criticile lui Boros vizează direct participarea lui Augustin la cea de-a 3-a sesiune a Conciliului. La această sesiune a participat şi o delegaţie din România compusă din 11 clerici. Între aceştia s-au aflat şi cei doi colaboratori neoficiali, conspiraţi sub numele de „Matei Popescu“ şi „Kiss Nicolae“ (cf. Notă-raport din 21 ianuarie 1965, semnat de mr. Iancu Constantin şi col. Olimpiu Andrei, ACNSAS, R 311941, ff. 42-51).
Înaintea plecării la Roma cei doi informatori au fost instruiţi contrainformativ în vederea încredinţării unei misiuni speciale. Asta cu încuviinţarea conducerii de partid şi de stat care dorea să-şi îmbunătăţească imaginea internaţională după ce şi-a modificat linia politică - în sensul accentuării cursului de independenţă faţă de Moscova.
Cei doi aveau sarcina de a dezinforma autorităţile Vaticanului în frunte cu Papa Paul al VI-lea (Giovanni Battista Enrico Antonio Maria Montini, * 1897 - † 1978) în ceea ce priveşte situaţia reală a bisericii din România. În acelaşi timp, trebuiau să respingă încercările unor „forţe ostile“ de a denigra România, folosind ca argumente informaţiile toxice pregătite în laboratoarele Securităţii.
În acest context, Augustin avea sarcina specială de a-l prezenta pe episcopul Áron Márton (* 28 august 1896 la Sândominic, † 29 septembrie 1980 la Alba Iulia) din Alba Iulia drept un „element“ naţionalist maghiar care perturbează pacea internă a bisericii catolice din România, sabotînd reconcilierea bisericii cu statul comunist (cf. Notă din 15 octombrie 1964 „privind instructajul ce va fi făcut agentului „Matei Popescu” şi sarcinile ce-i vor fi încredinţate spre rezolvare cu ocazia participării la lucrările Conciliului II Vatican”, ACNSAS, R 311941, ff. 37-41).
Francisc Augustin şi-a continuat în anii următori cariera de colaborator neofical al Securităţii. După ce a intrat ca deputat în parlament a avansat şi a fost decorat, în 1964, cu Ordinul Steaua Republicii Populare Române clasa a III-a, devenind „persoană de încredere“. Augustin a murit pe data de 27 noiembrie 1983 la Bucureşti. Succesorul său a devenit Ioan Robu care - avînd funcţia de arhiepiscop - se află şi astăzi în fruntea bisericii catolice din România.
