Odată cu unificarea celor două state germane, pe data de 3 octombrie 1990, aparatul de justiţie est-german a dispărut. Cazurile prelucrate de organele de justiţie est-germane au fost preluate de cele federale. Aşadar şi continuarea urmăririi penale a cîtorva persoane, începută deja în ultima fază a existenţei RDG-lui, a fost continuată după 1990.
După unificare, cazul este preluat de către Procuratura Germaniei federale, care în noiembrie 1990 anunţă că Honecker urmează să fie cercetat şi pentru complicitate la uciderea unor persoane la frontiera germano-germană. Pentru a se sustrage cercetărilor, Honecker reuşeşte, împreună cu soţia sa Margot, să fugă, în martie 1991, la Moscova, de unde, însă, va fi expulzat pe 29 iulie 1992, după ce se refugiaze temporar în ambasada chiliană din capitala Rusiei. În Germania, Honecker este din nou arestat, dar din cauza sănătăţii sale precare se renunţă la judecarea fostului lider care, după 169 de zile petrecute în arest, pe 12 noiembrie 1992, este pus în libertate. Obţine azil în Chile, unde se va stabili şi unde va muri pe data de 29 mai 1994.
Un alt caz celebru intrat în vizorul justiţiei a fost cel al lui Markus (Mischa) Wolf (1923-2006), între anii 1952 şi 1986 şeful Direcţiei pentru Informaţii externe (Hauptverwaltung Aufklärung – HVA) din cadrul Ministerului Securităţii Statului (MfS). Wolf a încercat să se se sustragă urmării penale, solicitînd, în 1991, azil politic în Austria. Cererea i-a fost respinsă, iar el s-a predat autorităţilor federale. Un tribunal din Düsseldorf l-a condamnat în 1993 la șase ani de închisoare pentru trădare. Sentinţa însă a fost anulată de către Tribunalul Constituţional, deoarece faptele de spionaj – de care fusese acuzat – au fost comise în numele un stat suveran şi în conformitate cu legislaţia din RDG. Wolf a mai fost condamnat la doi ani de închisoare cu suspendarea pedepsei, în 1997, pentru răpirea şi vătămarea corporală a patru persoane.
Cel de-al treilea caz emblematic, pe care-l schiţăm aici pentru a avea o imagine asupra felului cum s-au desfăşurat acţiunile extrem de indulgente ale justiţiei în mai toate cazurile, este cel al ministrului Stasi, Erich Mielke (1907-2000). Sub învinuirea de subminarea economiei naţionale, Mielke a fost arestat preventiv pe data de 7 decembrie 1989, fiind eliberat din motive de sănătate deja în martie 1990. În iulie fusese rearestat sub învinuirea de planificare a unor lagăre pentru opozanţi şi primirea în RDG a unor membri ai grupului terorist vest-german, cunoscut sub denumirea Fracţiunea Armatei Roşii (RAF). În noiembrie 1991, însă, i se intentează un proces pentru infracţiunea de omor comisă în anul 1931. Procesul a durat din februarie 1992 pînă în octombrie 1993. Tribunalul l-a găsit vinovat de uciderea a doi poliţişti şi l-a condamnat la șase ani închisoare.
După ce şi-a ispăşit două treimi din pedeapsă, Mielke a fost pus în libertate la finele anului 1995. Cinci ani mai tîrziu temutul ministru al Securităţii est-germane a murit într-un cămin de bătrîni.
În vederea urmăririi unor delicte comise de reprezentanţi ai nomenclaturii şi aparatului politico-represiv al fostei RDG s-a înfiinţat în cadrul poliţiei din Berlin, pe data de 1 septembrie 1991, o secţie specială: Biroul central pentru investigarea criminalităţii guvernamentale şi de unificare (germ. Zentrale Ermittlungsstelle für Regierungs- und Vereinigungskriminalität – ZERV). Biroul a existat pînă la sfîrşitul anului 2000. În urma cercetărilor biroului, s-a recomandat urmărirea penală a 20.327 de persoane. Dintre aceste cazuri semnalate, 16.323 intrau sub incidenţa a ceea ce s-a numit infracţiuni guvernamentale; în 4.004 de cazuri era vorba despre infracţiuni economice.
Pe motiv de lipsă a dovezilor probatorii sau din cauza unor greşeli de procedură multe tribunale, care urmau să judece prezumtivele infracţiuni, au decis oprirea urmăririi penale, ceea ce echivala şi cu închiderea dosarelor de cercetare.
Felul rezolvării unor cazuri se desprinde dintr-o statistică pe grupe de infracţiuni şi pe land-uri. Astfel, pentru infracţiuni comise la frontieră au fost inculpaţi în land-ul Berlin 228 de persoane, în land-ul Brandenburg 38, în Mecklenburg-Vorpommern 6, în Saxonia 3, în Saxonia-Anhalt 38, în Turingia 48, în land-urile vestice 2 (în total 363).
Toate procesele care s-au judecat după 1990 s-au desfăşurat în conformitate cu prevederile Codului Penal est-german. Practic nimeni nu a fost judecat – retrospectiv - în baza legislaţiei noi vest-germane, preluată şi introdusă după unificare în noile land-uri federale din est. Totodată, sentinţele pronunţate au fost strict individualizate. În conformitate cu normele statului de drept au fost excluse din start sentinţe colective în cazul mai multor persoane implicate în comiterea unei infracţiuni.
Doar persoanele implicate în diverse forme de spionaj (politic, economic, militar) îndreptate împotriva Republicii Federale au fost judecate în baza legislaţiei vest-germane. În această categorie intrau practic şi spionii care la un moment dat s-au retras pe teritoriul est-german şi a căror activitate putea fi judecată abia după dispariţia RDG-ului.
