În 1994, la 7 decembrie, a fost adoptată Legea cu privire la alegerile locale. Aceasta stabilea că reprezentanții structurilor locale erau aleși pe un termen de patru ani, potrivit Almanahului electoral.
- Primele alegeri locale generale au avut loc la 16 aprilie 1995. Atunci au participat șase partide, două blocuri electorale, inclusiv Alianța Forțelor Democratice (AFD) formată din 10 formațiuni politice și candidați independenți.
Alegerile au avut loc în 851 de sate din 37 de raioane la acea vreme și în 51 de orașe. În afara scrutinului au rămas 74 de sate, nouă orașe și două municipii controlate de autoritățile separatiste din stânga Nistrului.
Din cele 1223 de mandate în consiliile raionale, 643 au fost obținute de Partidul Democrat Agrar (PDAM), AFD reușind să acumuleze 252 de mandate. 200 de mandate a obținut Partidul Comuniștilor din R. Moldova (PCRM). În consiliile orășenești și sătești PDAM a luat peste 6500 de mandate; AFD – 2333 de mandate, PCRM – 513. PDAM a obținut, de asemenea, 513 mandate de primar; AFD – 83, iar PCRM – 43.
Prima Comisie Electorală Centrală (CEC) a fost creată la 24 noiembrie 1989. Instituția avea 21 de membri, cu un mandat de cinci ani, numiți de sovietele raionale și orășenești. Primul președinte la CEC a fost Vladimir Chictenco. Acea Comisie a activat până în 1993, fiind responsabilă de alegerile parlamentare din 1990 și a celor prezidențiale din 1991.
La 21 noiembrie 1997 este adoptat Codul electoral, lege care a unificat toate procedurile electorale. Tot atunci este constituită prima Comisie Electorală Centrală ca „organ de stat cu statut permanent.” Primul șef al CEC a fost Dumitru Nidelcu, care a deținut acest post timp de șase ani.
La 21 noiembrie 1997 este adoptat Codul electoral, lege care a unificat toate procedurile electorale. Tot atunci este constituită prima Comisie Electorală Centrală ca „organ de stat cu statut permanent.” Primul șef al CEC a fost Dumitru Nidelcu, care a deținut acest post timp de șase ani.
- La 23 mai 1999 au fost organizate alegeri locale generale concomitent cu referendumul pentru schimbarea Constituției pentru instituirea regimului prezidențial de guvernare, exercițiu în care majoritatea votanților (64,2%) au optat pentru instituirea regimului prezidențial de guvernare. Ulterior, la mijlocul verii anului 2000, Parlamentul a adoptat un amendament la Constituție, prin care R. Moldova a devenit republică parlamentară.
La scrutinul local au participat patru blocuri electorale și zece partide. La urnele de vot au fost chemați 2 265 852 de alegători. Rata de participare a fost de 58,4%. Atunci, în condițiile sistemului de județe, au fost aleși 312 de consilieri județeni; 6105 – în consiliile municipale, orășenești, sătești. Au fost aleși 628 de primari. - Alegeri locale generale au avut loc și la 25 mai 2003. Acum două decenii, în scrutin au participat 19 partide din cele 26 înregistrate la acea vreme. Opt partide au format blocuri electorale. În cursă s-au înregistrat și 1500 de candidați independenți, numărul total al candidaților ajungând la 47000. În listele electorale erau înscriși 2,2 milioane de persoane. Rata de participare a fost de circa 58,7%. Cele mai multe mandate, 615, le-a acumulat PCRM; Alianța [social-liberală] „Moldova noastră” – 227; Partidul Democrat din Moldova (PDM) – 92; Partidul Popular Creștin Democrat (PPCD) – 82. PCRM a luat cel mai mare număr de mandate în consiliile de toate nivelurile – 5416, urmat de „Moldova noastră” cu 2402; PDM – 936. Comuniștii obținuseră 368 de mandate de primari; „Moldova noastră” – 191; PDM – 73. Restul concurenților sub 50. La alegerile din Chișinău, primar general a fost ales independentul Serafim Urechean.
La 18 decembrie 2003 se aprobă o nouă componență a CEC. După demisia lui Eugen Clim, postul de șef al instituției a fost preluată de Petru Răilean. La 11 noiembrie 2005, este aprobată o nouă formulă a CEC cu nouă membri și pe un mandat de cinci ani. Președinte al CEC a fost ales Eugen Știrbu. În 2011 este aprobată o nouă componență a CEC. Iurie Ciocan a fost desemnat președinte al instituției. În 2016, a fost votată o nouă componență a CEC. Președintă este aleasă Alina Russu. În 2021, intră în noul mandat actuala componență a autorității electorale centrale, condusă de Angelica Caraman.
- Un scrutin local general a fost organizat la 3 iunie 2007. 21 de partide, un bloc electoral și 1375 de candidați independenți s-au înscris atunci în cursă. Numărul alegătorilor se cifra la 2,4 milioane, iar rata de participare a fost de 54,6%. În primul tur de scrutin au fost aleși 417 primari. Au fost aleși 1122 de aleși locali în consiliile municipale și raionale; 10621 de consilieri în consiliile orășenești și sătești. Turul doi de scrutin a avut loc la 17 iunie în 472 de circumscripții. Primar al Chișinăului a fost ales liberalul Dorin Chirtoacă.
- La 5 iunie 2011 au avut loc alegeri locale generale ordinare. La scrutin au participat 21 de formațiuni politice și 1882 de candidați independenți. Au fost înregistrați în total 62075 de candidați: la funcția de primar – 4316 persoane; la funcția de consilier în consiliile de nivelul al doilea (raionale) - 8019; la funcția de consilier în consiliile de nivelul întâi – 49740. Numărul de alegători a constituit peste 2,7 milioane, iar rata de participare a constituit circa 54,6%. În primul tur au fost alese 1120 persoane în consiliile de nivelul al doilea; 10630 persoane - în consiliile de nivelul întâi, precum și 386 primari. Turul doi a avut loc în 512 circumscripţii electorale.
La 9 aprilie 2015, Parlamentul de la Chișinău a adoptat o lege prin care persoanelor străine li se interzicea să facă agitație electorală. La 7 mai, Legislativul votează prevederile la legi prin care li se permite, în premieră, să voteze persoanelor cu deficiențe mintale.
- În 2015, la 14 iunie, au loc alegeri locale la care au participat puțin peste 49% din alegători. Au fost aleși 438 de primari din 898; 1116 consilieri raionali și 10564 de consilieri orășenești și sătești. Pe primele poziții după numărul de aleși locali s-au plasat Partidul Liberal Democrat din Moldova (PLDM) și PDM. Cu o rată de participare de 47,7%, turul doi a fost organizat la 28 iunie în 457 de localități. Bătălia pentru Primăria Chișinău a fost câștigată de Dorin Chirtoacă.
- În 2018, la 20 mai, în Chișinău și Bălți au loc alegeri noi, inclusiv alegeri anticipate ale primarilor. La Chișinău, în turul doi s-au calificat Ion Ceban (PSRM) și Andrei Năstase (Platforma DA). La 16 zile după alegeri, o instanță din Chișinău a invalidat mandatul lui Andrei Năstase, urmare a unui recurs al PSRM în care invoca că acesta a făcut agitație electorală în ziua alegerii. La 29 iunie, CEC a declarat nule cele două tururi ale alegerilor (20 mai și 3 iunie) pentru Primăria Chișinău. Primăria Chișinău a fost condusă de un primar interimar [Ruslan Codreanu] până la alegerile locale din 2019.
Primarul de Bălți [Nicolae Grigorișin] a fost ales din primul tur de scrutin.
- La 20 octombrie 2019 au loc alegeri locale generale concomitent cu cele parlamentare noi. La scrutinul local au participat circa 1,2 milioane de alegători (41,68%). Din primul tur au fost aleși primari a 518 de localități. Cele mai multe mandate le-au obținut: PDM – 191 de mandate de primar; PSRM – 124; Blocul ACUM [PAS și DA] – 82; PLDM – 26; Partidul Șor – 13 și Partidul Nostru – 10.
În decembrie 2022 a fost votat noul Cod electoral, document susținut în Parlament cu voturile a 55 de deputați din majoritatea parlamentară PAS. Legea a intrat în vigoare la 1 ianuarie 2023. Noul Cod stabilea că alegerile locale generale vor fi organizate o dată la patru ani, în ultima duminică din luna octombrie sau prima duminică din noiembrie.
- La 5 noiembrie 2023 au fost organizate alegeri locale generale în baza noului Cod electoral. Sunt aleși pentru un mandat de patru ani 898 de primari, 1 086 de consilieri în 34 de consilii raionale și municipali și 9972 de consilieri în 896 de consilii orășenești și sătești. În primul tur au fost aleși primari în 617 localități. Rata de participare pe țară a fost de 41,4%. Turul doi de scrutin se desfășoară la 19 noiembrie în 273 de sate și orașe. În opt localități au loc alegeri repetate, iar în trei vor fi organizate alegeri parțiale locale la 3 martie 2024.
În ultimii 25 de ani de activitate permanentă, CEC a administrat în Moldova nouă alegeri parlamentare, două prezidențiale, șapte locale generale, trei referendumuri republicane și mai multe alegeri locale noi.