Al Doilea Război Mondial începe în data de 1 septembrie 1939 odată cu invazia Germaniei naziste asupra Poloniei, urmată de cea a Armatei Roșii în data de 17 septembrie.
România și-a declarat neutralitatea, dar a găzduit mii de soldați și ofițeri polonezi care ulterior în mare parte au emigrat în Marea Britanie și alte state vestice. Operațiile militare se extind asupra României la sfârșitul lunii iunie 1940, când Armata Roșie, în acord cu Germania nazistă (Pactul Molotov-Ribbentrop din 23 august 1939) ocupă Basarabia, Nordul Bucovinei și ținutul Herței (ultimele două teritorii nefiind parte a protocolului secret din 23 august 1939).
Amenințat de pericolul dispariției ca stat, guvernul de la București a fost nevoit să accepte evacuarea Basarabiei și Nordului Bucovinei. La operaţia de „eliberare” a participat aproape întreg efectivul districtelor militare Kiev şi Odesa, adică 32 divizii de infanterie, 2 divizii de infanterie motorizată, 6 divizii de cavalerie, 11 brigăzi de tancuri, 3 brigăzi de avioane, 16 regimente de artilerie grea şi alte unităţi auxiliare.
Moscova a încercat să acrediteze oficial ideea că intrarea trupelor sale în provinciile estice ale României era determinată de nevoia „reunirii poporului moldovenesc într-un stat sovietic unic”.
Mențiunea din ultimatumul sovietic din 26 iunie 1940 adresat României, potrivit căruia Basarabia ar fi locuită în majoritate de ucraineni avea menirea să inducă în eroare opinia publică mondială și totodată a anticipat cedarea unei părți însemnate a sudului și nordului Basarabiei către RSS Ucraineană.
În realitate, URSS avea nevoie de Basarabia pentru a obține accesul la gurile Dunării și pentru a securiza Odesa, cel mai mare port sovietic la Marea Neagră (oarecum similar cu războiul Moscovei împotriva Finlandei a cărui scop minimal a fost asigurarea securității orașului Leningrad).
În noaptea spre 28 iunie a fost creat un comitet revoluţionar provizoriu din Basarabia, al cărui preşedinte a fost ales ucraineanul S. D. Burlacenko, președintele comitetului regional al Partidului Comunist din România. În ciuda acestui fapt, autoritățile sovietice nu au recunoscut meritele ilegaliștilor basarabeni și au extins prerogativele instituțiilor din RASSM asupra Basarabiei.
În ziua de 28 a urmat o adunare solemnă de „bun venit” cu pâine şi sare. Primul care a luat cuvântul a fost mareşalul Uniunii Sovietice, D.K. Timoşenko, originar din Basarabia, ceea ce avea o importanţă simbolică deosebită – biografia sa fiind tradusă în română şi difuzată gratis într-un tiraj de 270 000 exemplare. Şeful paradei militare a fost G. K. Jukov, comandantul Grupului „Sud” al Armatei Roşii.
Chișinăul la ora ocupației sovietice
Altă paradă militară, de data aceasta de proporţii, cu tancuri și altă tehnică militară sovietică a avut loc pe 4 iulie 1940.
În 2 august 1940, Sovietul Suprem al URSS a adoptat legea despre crearea RSSM, cu statut de republică unională, dar care era îngloba doar aproximativ trei sferturi din teritoriul anexat de la România și doar 6 din cele 13 raioane ale fostei RASSM.