Preşedinţia lui Mircea Snegur (1991-1995)
Primul preşedinte al Republicii Moldova a fost etichetat de o bună parte a oponenților politici ca fiind pro-occidental, prin urmare era ca şi cum logic că pe durata mandatului său Chișinăul să aibă relații mai reci cu Rusia. Este perioada în care Chişinăul a încercat să se desprindă de pe orbita Moscovei şi în care au apărut mişcările separatiste în raioanele de est şi în cele de sud. Evenimentul culminant a fost războiul de la Nistru, din primăvara-vara lui 1992, la care, potrivit deciziei CEDO în cazul grupului Ilaşcu, au participat şi formațiuni ruseşti. Ostilităţile militare au încetat urmare a semnării convenţiei de încetare a focului, la 21 iulie 1992, pe care şi-au pus semnătura președinții Mircea Snegur şi Boris Elţin.
Documentul a fost calificat de unii militari şi politicieni ca o „trădare” sau „capitulare ruşinoasă”. Fostul preşedinte Mircea Snegur considera, însă, la distanţă de ani, că anume acea formulă a fost unica şansă de a opri vărsarea de sânge, chiar dacă s-au făcut cedări irecuperabile Moscovei şi regimului separatist. Un lucru bun, a mai susţinut Snegur, prin semnarea convenției de către președintele rus s-ar fi demonstrat lumii că Rusia a fost participant la acest război.
Ulterior, Mircea Snegur a avut întâlniri cu omologul său rus, Boris Elţin, fie la nivel bilateral sau în cadru CSI, majoritatea vizând reglementarea transnistreană şi retragerea armatei şi munițiilor ruseşti ce staționau în stânga Nistrului.
În octombrie 1994, Republica Moldova şi Federaţia Rusă au semnat un acord guvernamental ce prevedea retragerea trupelor militare ruse timp de trei ani, document neratificat de Duma de Stat. Şi acest acord a fost criticat de unele voci deoarece a pus în relație de condiționalitate retragerea trupelor şi munițiilor ruse cu soluționarea prealabilă a conflictului transnistrean.
Nicolae Osmochescu, fost prim-viceministru de externe şi fost consilier prezidențial în mandatul lui Mircea Snegur, consideră că relaţiile moldo-ruse în anii 1991-1995 au fost „obiective şi realiste”.
Preşedinţia lui Petru Lucinschi (1996-2001)
„Unul dintre cei mai pro-ruşi conducători de state post-sovietice, care a câştigat alegerile din decembrie 1996 graţie sprijinului politic şi financiar al Rusiei”. Astfel îi descria ziarul rusesc „Kommersant” pe ultimul prim-secretar al PCM şi lider al Komsomolului sovietic Petru Lucinschi care devenise președintele Republicii Moldova.
Lucinschi a plecat în vizita la Moscova pe 27 februarie 1997, la o lună şi jumătate de la învestire. Totuși vizita sa în Rusia venea după deplasări similare la Kiev şi Bucureşti şi întrevederi cu omologii săi Leonid Kucima şi Emil Constantinescu. „Întâlnirea cu Elţin ar fi trebuit să aibă loc mai devreme, dar a fost amânată din cauza că Elţin a fost bolnav”, era explicația difuzată de presă.
Petru Lucinschi a discutat cu președintele rus Boris Elţin, premierul Victor Cernomîrdin şi patriarhul Moscovei şi al Întregii Rusii, Aleksi II, iar subiectele abordate au fost urgentarea rezolvării conflictului transnistrean şi retragerea munițiilor şi trupelor ruse staționate în raioanele de est ale Republica Moldova. „Preşedintele Lucinschi a opinat că Federaţia Rusă poate juca un rol mai activ în căutarea unui compromis rezonabil”, scria oficiosul „Moldova Suverană”. Un alt pachet de probleme de pe agendă a fost cel economic („mărfurile noastre în Rusia au căutare, deci se cere intensificarea legăturilor comerciale”), precum şi datoriile pentru sectorul energetic care depășeau peste jumătate de miliard de dolari.
Evenimentul central al mandatului de preşedinte al lui Petru Lucinschi a fost semnare, pe data de 8 mai 1997, la Moscova, a „Memorandumului privind principiile de normalizare a relațiilor dintre Republica Moldova şi Transnistria”. Documentul a fost semnat de Pentru Lucinschi şi liderul de la Tiraspol Igor Smirnov, cu participarea ministrului rus de externe Evgheni Primakov. Memorandumul atribuit şefului diplomaţiei ruse statua „egalitatea părţilor în conflict” care trebuiau să convină la masa de negocieri principiile „statului comun”. Anume această noţiune a trezit critici la adresa echipe prezidențiale, care ar fi făcut cedări irecuperabile în faţa autorităţilor ruse şi a reprezentanților Tiraspolului. Pe de altă parte, Petru Lucinschi a argumentat că a recurs la acest pas, pentru a debloca negocierile şi că documentul nu era unul final.
Pe durata mandatului, Lucinschi a avut mai multe întrevederi la Moscova cu Boris Elţin şi cu succesorul lui, Vladimir Putin. Pe 16 şi 17 iunie 2000, Putin a întreprins o vizită la Chişinău şi a discutat timp de o oră pe o bancă dintr-un parc cu omologul său moldovean. Au fost abordate soluționarea diferendului transnistrean, problemele legate de comerţul moldo-rus şi achitarea datoriilor pentru gaze. Revenit la Moscova, Putin a decis să creeze o comisie specială condusă de Evgheni Primakov, care să găsească soluţie pentru probleme transnistreană.
Ziarul de limba rusă „Moldavskie Vedomosti” nota, la final de mandat, că „Lucinschi a promis să rezolve problema transnistreană în jumătate de an, dar nu a făcut-o nici după trei ani şi jumătate”.
Analistul Anatol Ţăranu, fost consilier prezidențial pe probleme speciale al președintelui Petru Lucinschi, spune că decidenții de la Chişinău şi-a făcut multe iluzii în privința disponibilității Moscovei de a soluționa problema transnistreană. În ceea ce priveşte relațiile economice, Anatol Ţaranu spune că dependența de piaţa rusă a fost o lecţie pentru decidenţii moldoveni.
Preşedinţia lui Vladimir Voronin (2001-2009)
Apropierea de Rusia şi soluționarea diferendului transnistrean au fost principalele promisiuni ale liderului comuniștilor Vladimir Voronin, calificat frecvent drept cel mai pro-rus preşedinte moldovean. Totodată, comuniştii au făgăduit alegătorilor că limba rusă va deveni a doua limbă de stat şi că ţara va adera la Uniunea Rusia-Belarus. Ori de câte ori i s-a reproșat că nu şi-a onorat aceste promisiuni, liderul comunist răspunde că se angajase să examineze oportunitatea acestor paşi.
Prima vizită în calitate de şef de stat Voronin a făcut-o la Moscova, la câteva zile de la învestire. Peste câteva luni el a semnat împreună cu omologul său rus, Vladimir Putin, Tratatul de prietenie şi cooperare între Republica Moldova şi Federaţia Rusă.
Printre primele decizii ale guvernării comuniste, menite inclusiv să îmbuneze factori de decizie ruşi, au vizat readucerea limbii ruse în calitate de disciplină obligatorie în şcoala primară, fapt ce a provocat protestele din 2002, precum şi redarea statutului de limbă de comunicare interetnică (prin Concepția politicii naţionale din 2003).
Deplasările dese ale lui Voronin la Moscova (Voronin nu scapă nicio o ocazie să se laude cu numărul de întrevederi personale cu Putin şi cu patriarhul de la Moscova) au culminat cu pregătirea în 2003 a Planului Kozak. Memorandumul a fost atribuit adjunctului șefului administrației președintelui Rusiei, Dmitri Kozak, care ar fi dat curs solicitării Chișinăului de a formula conceptul de ghidare. Documentul prevedea crearea unei federații asimetrice cu trei subiecți (Moldova, Transnistria şi Găgăuzia) şi dreptul de veto pentru reprezentanții Tiraspolului în parlament. De asemenea, prevedea staționarea trupelor rusești în Republica Moldova pe durata câtorva decenii. Voronin însă a refuzat în ultimul moment să semneze Planul Kozak, parafat în ajun, chiar dacă liderul de la Kremlin Vladimir Putin, care își dăduse acordul să participe la ceremonia de semnare a documentului, era pe cale să se pornească spre Chișinău. După ce Voronin a dat înapoi, Kremlinul i-a închis ușa în nas, ceea ce l-a determinat pe președintele moldovean să cocheteze cu ideea integrării europene.
A urmat răceală în relaţia cu Moscova, ce a culminat, în 2006, cu interdicțiile la importul de vinuri moldovenești în Federaţia Rusă şi dublarea prețurilor la gaze.
Vladimir Voronin a fost primit de Vladimir Putin în august 2006, după trei ani de la respingerea Planului Kozak. Dialogul bilateral s-a activizat până în iarna lui 2009, dar neîncrederea Kremlinului în liderul comunist aşa şi nu a dispărut.
În ciuda acestor etape mai dificile, fostul consilier prezidențial Mark Tkaciuk crede că relaţiile moldo-ruse în perioada Voronin ar putea fi evaluate la o notă de opt din zece.
Preşedinţia lui Nicolae Timofti (2012-2016)
În mandatul de preşedinte al lui Nicolae Timofti (2012-2016) au existat doar trei întrevederi la nivel de şefi de stat şi acelea la summit-urile CSI. În cadrul unuia dintre aceste evenimente Timofti şi Putin au discutat în contradictoriu, în faţa camerelor de luat vederi, despre Acordul de Asociere semnat de Republica Moldova cu UE şi embargourile impuse de Federaţia Rusă în consecință la importul vinurilor, fructelor, legumelor, produselor din carne şi a conservelor.
În ciuda disensiunilor din ultimii ani în relaţiile moldo-ruse, Vlad Ţurcanu, fostul purtător de cuvânt al președintelui Nicolae Timofti afirmă că „diplomaţia a reuşit să asigure raporturi civilizate cu partea rusă”.
Pornind de la evoluţia relaţiilor moldo-ruse în cei 25 de ani, Anatol Ţăranu, fostul consilier al președintelui Pentru Lucinschi, afirmă că este o gafă fundamentală să se creadă că „Moscova va fi o bagheta magică care ar rezolva problemele Republicii Moldova”, mai ales că preşedinţii pro-ruşi care au promovat promisiuni deşarte au suferit eşec pe acest plan
