Ca peste tot, și între oamenii politici de la Chișinău existau diferențe de opinie și dispute, atât în privința politicii interne, cât și în chestiunile externe. Acestea s-au văzut inclusiv în timpul evenimentelor provocate de intrarea trupelor române în Basarabia, în ianuarie 1918. În vreme ce unii, în special cei din Blocul Moldovenesc înclinau spre un stat independent și intrarea într-o relație strânsă cu România, alții, mai ales cei din Fracțiunea Țărănească, se pronunțau pentru menținerea unei legături cu Republica Federativă Rusă, din care Republica Democratică Moldovenească făcea parte.
Potrivit unor surse, Gherman Pântea, directorul general pentru război și marină în executivul de la Chișinău, s-a pronunțat pentru rezistență contra trupelor române. Mai mult chiar, Pântea ar fi semnat un ordin de trimitere a trupelor moldovenești împotriva celor române. Pantelimon Halippa, un alt fruntaș politic basarabean, avea să susțină – în Cronica vieții mele – că Pântea ar fi semnat ordinul amintit, despre care știau Ion Inculeț și Pantelimon Erhan, dar hârtia nu a ajuns la trupele moldovenești, ci era doar arătată ca „justificare” liderilor bolșevici, care preluaseră controlul asupra Chișinăului. Era vorba de un balans între loialitatea față de Rusia, fie ea și bolșevică, în fața căreia Basarabia era vulnerabilă, și interesele locale, eventual poate și de idei privind reconfigurarea geopolitică.
În Basarabia existau la începutul anului 1918, pe lângă unități ruse, trupe constituite pe criterii etnice: moldovene, ucrainene, germane, bulgare, evreiești etc. Trupele ruse erau în general bolșevizate. Ideologia bolșevică era influentă și în unele unități moldovenești. Spre exemplu, potrivit unor estimări, cca 75% dintre militarii din Regimentul I Moldovenesc (infanterie) erau câștigați de bolșevism. În contextul intrării trupelor române în Basarabia, unitățile militare moldovenești aveau toate șansele să fie antrenate de bolșevici contra militarilor români.
O delegație guvernamentală de la Chișinău s-a întâlnit cu generalul Ernest Broșteanu, în ziua de 12 ianuarie 1918, la Călărași. În timpul întâlnirii, Ion Inculeț și Pantelimon Erhan au protestat față de intrarea în Basarabia a trupelor române. Din anumite surse memorialistice reiese că poziția lui Inculeț și Erhan se explica prin amenințările primite din partea bolșevicilor. Probabil a contat atunci și înclinația socialist-revoluționară a celor doi lideri politici de la Chișinău, dar și un anume realism politic. Pentru ei viitorul era deschis. Încă nu era clar dacă aveau să aibă câștig de cauză românii sau rușii.
Oficialii moldoveni au întrebat în timpul întrevederii care erau motivele intrării trupelor române în Basarabia. Broșteanu a dat asigurări că trupele sale nu veniseră să se amestece în chestiunile politice ale țării, ci să restabilească ordinea și liniștea, să protejeze depozitele pentru armată și căile de comunicații, precum și să-i alunge pe bolșevici. În același timp, generalul i-a prevenit pe basarabeni asupra eventualității unei rezistențe armate – trimiterea era la unitățile ruse, dar putea fi interpretată ca vizându-le și pe cele moldovene – la intrarea trupelor sale în Chișinău. Broșteanu a dat un ultimatum de 24 de ore Sfatului Țării pentru a primi un răspuns în acest sens. Imediat după aceea, Inculeț a adresat un apel către populația Republicii Democratice Moldovenești, îndemnând-o la atitudine pașnică, amintind că trupele române veneau cu garanția puterilor Antantei. La 13 ianuarie 1918, o delegație basarabeană, avându-l în frunte pe Erhan, s-a întâlnit cu generalul Broșteanu la Strășeni, transmițând că Republica era de acord cu intrarea trupelor în Chișinău. Probabil dintr-o pornire cazonă sau pentru a arăta cine deținea inițiativa, comandantul Diviziei 11 infanterie și-a exprimat nemulțumirea pentru că răspunsul așteptat întârziase o oră.
Un detașament militar românesc a intrat în Chișinău în seara zilei de 13/26 ianuarie 1918. Orașul a fost ocupat fără luptă, abandonat de trupele loiale bolșevicilor, care s-au retras spre Tighina/Bender. Câțiva deputați din Sfatul Țării au protestat în timpul ședinței din noaptea de 13/14 ianuarie 1918 față de intrarea românilor în Basarabia. Dispute au apărut și în interiorul Consiliului Directorilor Generali, tot la 13 ianuarie 1918, în special între Pantelimon Erhan și Vladimir Cristi, care într-un fel au anticipat demisia lui Gherman Pântea la 15 ianuarie 1918, iar a doua zi a cabinetului.
Cea mai mare parte a Diviziei 11 infanterie a intrat în Chișinău în ziua de 14 ianuarie 1918. Onisifor Ghibu avea să noteze într-una din lucrările sale – De la Basarabia Rusească la Basarabia Românească – că niciun oficial basarabean nu a participat la defilarea organizată cu ocazia intrării generalului Broșteanu în Chișinău, la 14 ianuarie 1918. Din alte surse reiese în schimb că ar fi asistat populația civilă la ceea ce s-a vrut o demonstrație de forță și ordine românească, menită a-i impresiona pe basarabeni.
Propaganda bolșevică împotriva trupelor române insista în primul rând pe frica pierderii câștigurilor dobândite în urma schimbărilor revoluționare din Rusia, în 1917, că țăranilor li se va lua pământul, care va fi redat moșierilor, că în general vor fi anulate libertățile. Neîncrederea cel puțin a unei părți a populației din Basarabiei față de intrarea trupelor române în regiune era bazată cu siguranță și pe propaganda bolșevică, dar este posibil să fi contat și o anume cunoaștere a situației țăranilor din Vechiul Regat al României, care până la reforma agrară din 1921 nu a fost cu nimic mai presus de cea a țăranilor din fosta Rusie țaristă. Țăranii se temeau că trupele române aveau să-i susțină pe marii proprietari și să le redea acestora pământurile care în ultimele luni fuseseră preluate de cei care le lucrau direct. Într-adevăr, în Basarabia s-au înregistrat, la începutul prezenței trupelor române, unele acte de sprijin din partea unor ofițeri români în favoarea unor moșieri. Însă Comandamentul militar românesc a luat decizia de a nu interveni în conflictele patrimoniale dintre țăranii și moșierii basarabeni. S-au dat ordine clare ca să se asigure ordinea și să se împiedice devastările și jafurile. În privința disputelor de proprietate, anterioare intrării trupelor române, acestea urmau să fie soluționate de autoritățile locale.
Intrarea trupelor române în Basarabia avea să determine însă reacția radicală a Rusiei. Situația geopolitică și așa complicată în Est, mai ales în ultimele săptămâni, cunoștea o tensionare suplimentară, al cărei final nu se întrezărea.
