Lustraţia în fosta Iugoslavie practic nu a avut loc din cauza lipsei dorinţei politice, poverii istorice şi din cauza complicaţiilor politice curente. Spre deosebire de alte ţări comuniste, fosta Iugoslavie a fost dezmembrată intr-un război sângeros. Prin urmare, atunci când comunismul s-a prăbuşit, n-a fost suficient timp pentru lustraţia persoanelor compromise în timpul comunismului.
În Serbia, lustraţia tot n-a avut loc, chiar dacă a fost promisă de opoziţia democratică după rasturnarea lui Miloşevic. Primul motiv pentru lipsa lustratiei este că alianţa care l-a învins Milosevic a fost foarte largă, cuprinzând forţe proeuropene, dar şi forţe naţionaliste. Mai mult, în numele aşa zisei reconcilieri nationale, s-a ajuns la un pact şi cu forţele naţionaliste, care aveau un trecut de colaborare cu Germania nazistă. S-a mers atît de departe, încît s-a ajuns să fie minimalizat dacă nu chiar negat rolul partizanilor lui Tito în eliberarea Iugoslaviei. Pentru motivul că Tito era croat.
Iată ce spune profesorul Vojin Dimitrijevic, un activist pentru drepturile omului de la Belgrad: „Lustraţia este dincolo de imaginaţie, pentru că în Serbia sunt o mulţime de alte probleme acum”.
Zarko Korac, vice-premier în guvernului sârb până la asasinarea premierului Zoran Djindjic, spune o comisie a lustraţiei s-ar confrunta cu obstacole mari, pentru că ar trebui să dea de urma colabratorilor regimului Milosevic, şi din aceşti au fost mulţi: în armată, în mass media, în poliţie sau în universităţi. În absenţa unei lustraţii, 70 până la 80 la sută din nomenklatura regimului Milosevic a rămas şi astăzi foarte activă.
Andrea Feldman, un istoric din Zagreb, crede că problema cheie în Croaţia este că sub masca războiului, mulţi complici ai represiunii comuniste au „scăpat” de trecutul lor, infiltrîndu-se în noua administraţie, fie în poliţie, servicii secrete sau partide politice.
Situaţia din Bosnia este mai specifică din cauza situaţiei etnice, cu cele trei partide etnice majore (musulmani, sârbi şi croaţi) care au condus ţara după prăbuşirea Iugoslaviei.
Stanko Primorac, un deputat în Parlamentul bosniac care a propus o lege a lustraţiei, recunoaşte că ar fi o „misiune imposibilă”: „Eu nu sunt optimist în această privinţă, dat fiind faptul că oamenii care s-ar confrunta cu lustraţia, de foarte multe ori deţin poziţii de rang înalt în partidele etnice".
