În ceea ce privește Republica Moldova, raportul arată că guvernul moldovean are un tratament preferențial față de clerul ortodox, iar Biserica Ortodoxă a avut în 2016 o „influență puternică” asupra politicilor guvernului.
În document se arată că mai multe minorități religioase continuă să raporteze o reacție slabă a autorităților când este vorba de incidente de discriminare. Discriminare față de grupurile religioase minoritare este simțită mai ales în regiunile rurale, inclusiv din partea reprezentanților administrațiilor publice locale.
Pe parcursul anului 2016, martorii lui Iehova au raportat 20 de cazuri în care au fost amenințați, atacați și insultați. În iulie 2016 doi membri ai comunității au fost amenințați și loviți în cap de doi bărbați străini.
Totodată, martorii lui Iehova, baptiștii și penticostalii întâmpină dificultăți atunci când vor să obțină clădiri sau spații în care să se roage.
Acte de vandalizare au fost semnalate și de comunitatea evreiască. Aceeași comunitate a atenționat și asupra unor incidente antisemite în cazul cărora autoritățile nu au reacționat.
Potrivit raportului Departamentului de Stat al SUA, studierea religiei în școlile moldovene este opțională, dar elevii care nu merg la cursurile de religie nu au parte de o alternativă. Mai mult, programul școlar oferă două tipuri de cursuri: unul pentru creștinii ortodocși și catolici, iar altul pentru evanghelici și adventiștii de ziua a șaptea. Primul curs este predat însă de profesori sau preoți ortodocși, care se focusează mai mult pe Ortodoxie, se mai spune în documentul citat. Este observată și o influență mare a Bisericii Ortodoxe în școli, inclusiv prin participarea preoților la manifestările de la început sau sfârșit de an școlar.
Liga Islamică, singura organizație musulmană înregistrată în țară, a raportat pentru anul trecut o îmbunătățire a situației în ceea ce privește atitudinea societății în general, dar a constatat o reflectare negativă a Islamului în presă.
Departamentul de Stat al SUA mai menționează în raport că Biserica Ortodoxă a anunțat crearea unei unități speciale pentru „a spori lupta împotriva cultelor nerecunoscute în țară”, printre care baptiștii și penticostalii.
În ceea ce privește libertatea religioasă din regiunea transnistreană, Departamentul de Stat notează că așa zisele autorități au continuat să discrimineze, să restrângă și să monitorizeze activitățile grupurilor religioase. Martorii lui Iehova spun că nu li se permite să afișeze literatura religioasă, iar comunitatea musulmană se abține de la activitățile religioase din cauza persecutărilor anterioare din partea așa ziselor autorități.
