Teroarea și represiunile. Regimul comunist a arătat chiar de la începuturile constituirii RSSM că teroarea este instrumentul cel mai adecvat nu doar pentru inocularea noii orânduiri în sine, dar şi mai eficient pentru formarea „moldovenilor sovietic”, enunțând că „până la lichidarea elementelor străine de clasă, națiunea moldovenească nu era consolidată din interior”. În consecință, în RSSM, la fel ca în restul noilor teritorii anexate în timpul celui de-al Doilea Război Mondial au fost promovate cele mai dure şi mai consecvente politici de deznaționalizare.
Într-un mod absolut paradoxal și de neconceput în alte circumstanțe decât cele sovietice, instrumentele de represiune și „condamnare” a cetățenilor români de pe teritoriul Basarabiei au fost realizate prin aplicarea provizorie a codurilor penale și penal-procesuale ale RSS Ucrainene, care prin decretul Prezidiului Sovietului Suprem al URSS din 14 decembrie 1940 erau extinse asupra RSSM. Decretul prevedea ca „tragerea la răspundere penală pentru crime produse până la reunirea Basarabiei cu URSS, să fie realizate în conformitate cu codurile RSSU”.
Materialele documentare din fondul dosarelor judiciare ale Serviciului de Informație și Securitate al R. Moldova, inițiate în privința persoanelor care au fost supuse represiunilor politice în perioada regimului totalitar se referă la anchetarea a 28 mii 984 persoane, ulterior condamnate în baza deciziilor organelor de stat judiciare şi extrajudiciare („Osobaia Troika”, „Comisia NKVD”, „Consfătuirea specială”, „Tribunalul militar al trupelor NKVD”). Dosarele au fost intentate, în deosebi, în baza art. 54 (infracțiuni contrarevoluționare) Cod Penal al RSS Ucrainene aplicat în RSS Moldovenească până în anul 1961, iar după 1961 în baza Codului Penal al RSS Moldovenească (agitație şi propagandă antisovietică).
În cazul represaliilor din prima perioadă sovietică (iunie 1940 – iunie 1941) se urmărea, în primul rând, exterminarea tuturor liderilor, a persoanelor incomode, „periculoase” pentru statul sovietic prin pregătirea, cultura și autoritatea pe care o aveau. De organizarea deportărilor din 1941 s-a ocupat Biroul Politic al CC al PCUS, iar structurile NKGB-iste au dezvoltat baza logistică a mecanismului deportării. Responsabil direct de realizarea lor a fost Sergo Goglidze, numit în mai 1941 împuternicit al partidului în RSSM. La nivel local operațiunea de deportare și alte acțiuni de represiune au fost coordonate de Pavel Borodin, prim-secretar al PCM și Iosif Mordoveț, vice-comisar NKVD din RSSM. Ca baza juridică a strămutării a servit Regulamentul cu privire la modul de aplicare a deportării față de unele „categorii de criminali”, aprobat în mai 1941, iar listele cu deportați au fost făcute de NKVD pe baza de delațiuni, ținându-se cont de pregătirea și activitatea capului familiei, de averea sa și de faptul că a colaborat cu administrația românească.
Operațiunea de deportare a început în noaptea de 12 spre 13 iunie 1941 (ora 2.30), urmând a fi ridicate 32.423 persoane, dintre care 6.250 sa fie arestate, iar restul 26.173 de persoane - deportate (inclusiv 5.033 persoane arestate și 14.542 persoane deportate din RSSM). Deportații din RSSM au fost amplasați în RSS Kazaha (9.954 persoane), RASS Komi (352), regiunile Omsk (6.085), Novosibirsk (5.787) și Krasnoiarsk (470). In Kazahstan, deportații din RSSM se aflau în regiunile Aktiubinsk (6.195 persoane), Kîzîl-Ordinsk (1.024) și Kazahstanul de Sud (2.735), iar în regiunea Omsk erau dispersați în 41 de raioane.
Autorii studiului Basarabia dezrobită. Drepturi istorice. Nelegiuiri bolşevice, înfăptuiri româneşti, publicat în 1942, au prezentat un rechizitoriu diabolic al terorii sovietice în Basarabia: în beciul localului din str. General Văitoianu, nr. 25, din Ismail, fost sediu al NKVD-ului local, s-au găsit corpurile a 5 bărbați între 45-60 de ani şi al unei femei de 22-23 de ani; în septembrie 1941, în spatele curții fostului local al Consulatului italian din Chişinău, strada Viilor, nr. 97, devenit în timpul regimului sovietic sediul central al NKVD-ului local, au fost deshumate 85 de cadavre, dintre care 15 aruncate într-o groapă comună aveau mâinile, iar unele şi picioarele legate; în subteranele Palatului Mitropolitan din Chişinău, unde s-a aflat Consistoriul bisericesc şi fabrica de lumânări şi unde sovieticii au avut secția de spionaj a NKVD-ului, s-au descoperit mai multe celule individuale, unde fuseseră deținute cele mai suspecte şi mai importante persoane care trebuiau să fie interogate cu o grijă deosebită. În același local au fost găsite instrumente speciale de tortură; se folosea îndeosebi curentul electric.
O soartă deosebit de cruntă au avut deputații Sfatului Țării care au rămas după 1940 pe teritoriul Basarabiei. Împotriva a 13 deputați în Sfatul Țării și unui fost ministru al Republicii Democratice Moldovenești, capturați de bolșevici în vara anului 1940, va fi intentat Dosarul nr. 824, prezentat de șeful NKVD din RSSM, maiorul Sazîkin, comisarului poporului al Afacerilor Interne din Uniunea Sovietică, Lavrenti Beria. Potrivit dosarului „inculpații Uncu Feodor; Cojuhari Feodor; Neaga Feodor; Bodescu Vladimir; Ignatiuc Ivan; Sinadino, Pantelimon; Bivol Constantin; Codreanu Ivan; Cotelli Emanuil; Știrbeț Luca; Baltaga Alexandr; Secara Nicolai; Turcuman Grigorii Nicolaevici și Botnariuc Stepan...în anul 1918 au săvârșit ruperea cu forța a Basarabiei de la Uniunea Sovietică și au alipit-o la România. Plus la aceasta, aceste persoane au exercitat o activitate contrarevoluționară pe teritoriul Basarabiei până în ziua venirii Armatei Roșii”. Toți cei enumerați, cu excepția lui Ion Codreanu, care va fi schimbat pe Ana Pauker, vor fi condamnați și au fost exterminați în gulagurile sovietice, unii din ei chiar în penitenciarul din Chișinău.
Bilanțul cantitativ al represiunii într-un un an de putere sovietică în Basarabia este cumplit: exodul, arestarea, deportarea, asasinarea a 12,23% din populație – peste 300 000 de locuitori, în special români. Prin deportarea în masă din 12-13 iunie 1941 se dorea distrugerea bazei naționale a culturii, limbii, istoriei și anihilarea memoriei istorice legate de România.
Alături de nimicirea identității românești ai Basarabiei, autoritățile sovietice au procedat la deconstrucția românească și anihilarea minorităților naționale. O categorie importantă din acest punct de vedere a fost comunitatea imigrației ruse, refugiată în Basarabia în condițiile revoluției ruse și a războiului civil, ai căror membri vor fi executați sumar imediat după intrarea trupelor sovietice în anul 1940 (cazul foștilor ofițeri țariști Serghei Gherman, Ivan Bâcov, Pavel Korcinski și Dmitri Kiseliov, condamnați pe 15 octombrie 1940 la pedeapsă capitală sau cazul lui Grigori Gorbatov, fost ofițer în armata țaristă, condamnat la moarte pe 21 ianuarie 1941), mulți fiind deportați în Gulag, în mare parte pentru „trădare de Patrie”.
Este cunoscut de asemenea procesul de anihilare în masă a tuturor primarilor și foștilor primari bulgari și găgăuzi din sudul Basarabiei, preluați în vizorul organelor de represii sovietice imediat după ocuparea provinciei în anul 1940, majoritatea dintre ei fiind deportați în noaptea de 12-13 iunie 1941 în lagărul „Ivdel” (Ivdellag) de lângă Sverdlovsk, lagărul Usoli de lângă Permi, lagărul Onega de lângă Arhanghelsk, unde majoritatea dintre aceștia vor deceda.
Deznaționalizarea și „moldovenismul sovietic”. Procesul de transformare identitară a românilor din Basarabia în „moldoveni sovietici” a început imediat după anexarea Basarabiei și crearea RSSM. La 11 noiembrie 1940 era adoptată hotărârea Consiliului Comisarilor Poporului din URSS „Cu privire la trecerea scrisului moldovenesc în raioanele noi ale RSS Moldovenești (Basarabia) de la alfabetul latinizat la cel rus”. Legea sovietică de școlarizare prevedea trecerea „tuturor școlilor din Basarabia la instruirea în limba maternă”, pornind de la premisa că limba română era o limbă străină. Odată cu aceasta, în toate școlile din Basarabia s-a trecut la învățarea obligatorie a limbii și literaturii ruse.
Spațiul public al Basarabiei a fost golit de orice amintire a administrației românești, începând cu demontarea monumentelor și statuilor regilor și domnitorilor români și terminând cu poieții și scriitorii.
Pe parcursul anului de ocupație sovietic are loc transferului factorului de conducere ucrainean și transnistrean în funcțiile de conducere ale noii republici, un habit sovietic ce va putea fi dezrădăcinat abia cu anii 1960, când politica sovietică de „indigenizare” va echilibra proporția dintre basarabeni și restul elementelor străine venite din afara provinciei. La 4 iulie 1940, Prezidiul Sovietului Suprem al RSS Ucrainene aproba componența comitetelor executive județene din Basarabia şi Nordul Bucovinei, organe ale puterii sovietice. Din cei 75 de funcționari împuterniciți să constituie sovietele județene doar doi erau români. Respectivele decizii ale forurilor supreme ale Ucrainei erau adoptate în condițiile în care, pe 27 iunie 1940, se forma comitetul de partid al comuniștilor ieșiți din ilegalitate. Dar comuniștii ilegaliști din Basarabia n-au fost recunoscuți de noua putere sovietică, nici unul dintre comuniștii ilegaliști n-a participat la Congresul I al PC (b) din Moldova, iar mulți comuniști ilegaliști basarabeni au fost deportați în Siberia sau condamnați la ani grei de pușcărie.
Sovietizarea și comunizarea. După proclamarea R.S.S.M., s-a intensificat procesul de comunizare a economiei: au fost naţionalizate băncile (6 iulie 1940), a fost naţionalizat pământul (15 august 1940), la sate a fost pusă în aplicare politica comunismului de război: 200 de mii de tone de grâu rechiziţionat de la ţărani au fost expediate în Germania nazistă, cu care U.R.S.S. era în perioada „lunii de miere”. Autorităţile comuniste au trecut apoi la colectivizarea pământului naţionalizat şi împărţirea lui ţăranilor: pe data de 15 februarie 1941 existau oficial 29 de colhozuri, întrunind 3.629 de gospodării cu membrii lor. Asigurarea populaţiei cu produse alimentare a scăzut brusc: ţăranii nu mai erau interesaţi şi nu aveau posibilitatea să aducă la oraşe produsele muncii lor. Regimul bolşevic a promovat o politică de preţuri vădit defavorabilă pentru agricultori. Multă lume rămăsese fără lucru şi o ducea extrem de greu. Nenumărate mori şi fabrici de ulei vegetal fuseseră demontate, iar utilajul transportat peste Nistru. La sate lumea stătea pe întuneric, gazul lampant lipsea. Deşi locuitorilor Basarabiei li s-au perfectat pașapoarte, ei nu puteau să se deplaseze decât cu permise speciale, eliberate de la caz la caz, pe un termen de până la 3 luni.
În februarie 1941 Sesiunea Sovietului Suprem al RSSM a aprobat Constituţia noii republici. „Legea fundamentală” era o copie fidelă a Constituţiei R.A.S.S.M. cu unele completări, bazate pe noile realităţi. „Statul” recent creat era proclamat ca fiind „socialist, al muncitorilor şi ţăranilor”, iar baza politică o formau sovietele (consiliile) deputaţilor truditorilor, „care s-au întărit în rezultatul răsturnării puterii moşierilor şi capitaliştilor şi a stabilirii dictaturii proletariatului”.
Chiar dacă a durat un singur an, regimul instaurat de sovietici în anul 1940-1941 punea fundamentele unui experiment politic și identitar de lungă durată, care va fi continuat cu aceeași violență și după cel de-al Doilea Război Mondial. Devenind un poligon al teoriilor și practicilor sociale, economice, culturale și lingvistice deja experimentate în RASSM, al violenței fără precedent dezlănțuite asupra sa, populația Basarabiei a înțeles într-un singur an esența regimului totalitar sovietic, față de care până la 1940 mai existau anumite atitudini de pozitivism și entuziasm, fapt ce va declanșa un exod masiv al basarabenilor în România și în Europa în momentul revenirii armatelor sovietice în anul 1944.