În 1997, o persoană care venea dintr-o familie deportată în timpul Marii Terori în Uniunea Sovietică (şi care își petrecuse întreaga tinerețe migrând de la un orfelinat la altul) a pus următoarea întrebare unui reporter: „Cum poate cineva să fie victima unui regim care nu a fost declarat oficial drept criminal?” Indiferent de inițiativele civice și lucrările științifice care au accentuat, dezvăluit şi documentat criminalitatea regimului comunist (Regierungskriminalität), până în decembrie 2006 nu a existat nicio declarație oficială din partea statului democratic care să admită ilegalitățile acestei perioade. Conform paradigmei iliesciene, regimul comunist a fost condamnat şi delegitimat odată cu Revoluția din 1989. Astfel, proceduri juridice şi depoziții oficiale nu mai sunt necesare. Pentru a-l parafraza pe Tony Judy, acea mis-memory a comunismului a dus la o mis-memory a anticomunismului.
În România, dar şi în întreaga Europă de Est, subiectul decomunizării a fost unul fierbinte în anii ’90. Pe parcurs însă, odată cu „normalizarea” societăților acestor țări, subiectul a ieşit practic din prim-plan. A revenit mai târziu în discuțiile publice din Polonia (aducând cu el o serie de înverșunate controverse) şi, de asemenea, din România. Trebuie precizat că problema decomunizării nu a figurat în campania electorală a Președintelui Băsescu. Traian Băsescu nu a susținut niciodată ca a fost o victimă a comunismului, nu a pretins niciodată că va conduce procesul de decomunizare. Dinamica dezbaterilor politice însă a catalizat orientarea sferei publice spre reluarea discuției asupra naturii dictaturii comuniste. Apelul inițiat de Sorin Ilieșiu a jucat în acest sens un rol foarte important. În aprilie 2006, când Traian Băsescu a decis formarea Comisiei, el era de acum perfect conștient şi convins de necesitatea acestui demers. Accentuez așadar că a fost vorba de o inițiativă prezidențială, de un gest care demonstrează importanța voinței politice şi curajul unui angajament democratic consecvent. Pentru Traian Băsescu, despărțirea de comunism este indisociabilă de ruptura cu vestigiile politice, morale, şi sociale ale despotismului totalitar.
Din Comisia Prezidențială au făcut parte personalități academice consacrate (istorici, politologi, filosofi, sociologi, etc.) şi figuri marcante ale intelectualității din România (disidenți, deținuți politici, membri ai exilului din perioada comunistă, etc.). Această structură i-a asigurat CPADCR atât credibilitatea morală cât şi pe cea științifică. Mandatul acordat de către președintele Băsescu a fost formulat în Comunicatul de presă din 21 aprilie 2006, dat publicității cu ocazia primei întruniri a CPADCR:
Comisia va examina principalele instituții care au făcut posibilă impunerea şi perpetuarea dictaturii comuniste, metodele care au permis abuzurile, crimele şi fărădelegile dictaturii, încălcările flagrante ale drepturilor omului şi rolul unor personalități politice în menținerea şi funcționarea sistemului totalitar comunist în România. Comisia va releva semnificația acțiunilor de rezistență, opoziție şi disidență, în raport cu sistemul comunist, iar raportul sinteză va examina legătura dintre ideologia şi practicile comunismului în România.
Pe lângă această sarcină științifică, demersul CPADCR a reprezentat şi o evaluare morală a defunctei dictaturi, un punct de plecare pentru o confruntare a trecutului prin intermediul recunoașterii dureroase, dar inevitabile, a crimelor împotriva umanității şi a celorlalte forme de represiune care au caracterizat perioada comunistă în România. Înființarea CPADCR, coroborată cu anterioara înființare a IICCR (Institutul de Investigare a Crimelor Comunismului în România), a fost un pas revoluționar în politica românească post-comunistă: niciunul dintre conducătorii anteriori ai statului român, fostul comunist Ion Iliescu sau anti-comunistul Emil Constantinescu, nu şi-au asumat un asemenea potențial exploziv proiect.
Un indicator al „sensibilităților afectate” de existența şi activitatea CPADCR sunt nesfârșitele campanii declanșate de către cercurile radical-naționaliste şi nostalgic-comuniste împotriva membrilor Comisiei şi în special împotriva președintelui acesteia. Un baraj de abuzuri verbale, incluzând calomnii, injurii şi de multe ori diatribe antisemite au fost de cele mai multe ori contraponderea la eforturile de transparență ale președintelui Comisiei. Cazul României validează afirmația lui Michael Ignatieff conform căreia „liderii pot avea un impact enorm asupra procesului enigmatic prin care indivizii își asumă durerea trecutului propriilor societăți. Liderii pot permite societăților să spună ceea ce este nepronunțabil, să gândească ceea ce este de negândit, să se angajeze pe drumul reconcilierii pe care membrii săi, la nivel personal, nu o pot imagina. Odată cu înființarea CPADCR, președintele României a instituționalizat un instrument fundamental al justiției de tranziție a cărui funcție a fost căutarea adevărului despre trecut fără a apela la practici şi pârghii juridice. El a mandatat o structură organizațională care intră în categoria Comisiilor de Adevăr: Enquetekommission – Comisia de Anchetă.